La existencia de una zona arqueológica con vestigios de cerámica, puntas de flecha y otros objetos, dan cuenta de asentamientos humanos en Chucándiro, desde antes de la llegada de los españoles.
Al inicio de la conquista, Chucándiro era un pueblo de 6 barrios, 83 casas y 337 personas. En esta época, fue evangelizada por los frailes agustinos y fue dirigido por Vasco de Quiroga por medio de la vicaría secular. Años más tarde, en el siglo XVI, se entregó en encomienda a don Alvaro Gallego.
Se constituyó en municipio el 21 de junio de 1878. En 1901, pasa a pertenecer como distrito de Morelia, junto con Acuitzio, Cuitzeo, Santa Ana Maya y Quiroga.